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2002年10月南京市实施了以建邺区为主体的行政区划调整，建邺区的教育随之发生了根本性的变化：近三分之二的学校划入他区，教育品牌资源基本流失，骨干教师比例大幅度降低。全区有中学9所，小学12所，幼儿园19所（公办园5所），全区在校学生22380人，教育直属机构有区电大、教师进修学校、少年宫、招考办等，学校中现有国家级重点职业高中1所，省三星级高中1所，省示范初中4所，省（市）级实验小学6所。
编制完成了《建邺区教育布局调整及新区教育规划方案》。全区3—5周岁幼儿入园率达97.3%，小学适龄儿童入学率和巩固率均达100%，毕业率达100%；初中入学率100%、巩固率99%，基本达到了“双高普九”的要求，同时，有效解决了残疾少年儿童、流动人口子女接受义务教育的问题。初中毕业生升学率达98%以上。其中普通高中招收新生1002人（含金陵中学河西分校），比2003年多招120人；职教类招生928人，比2003年多297人，增加47%；五年制大专生招生589人，比2003年多188人，增加46.8%。区电大在校生近4000人，比2003年增长20%，全日制普专毕业生就业率达85%，专转本达15%。
2010年，基础教育设施规划总数由2004年的88所调整为132所。
截止于2012年金陵中学河西分校、金陵中学实验小学、南京师大附中新城初中、南京师大附中新城小学、中华中学上新河初中、建邺实验小学等20余所新校先后建成开办，建筑总面积超过20万平方米，还有一批项目在筹备中，如南京外国语学校河西分校、莲花九年制学校、江东九年制学校。